El curso Agroecología y Sistemas de Producción se ajusta a las tendencias relacionadas con la sostenibilidad y sustentabilidad de la producción agrícola. El Ingeniero Agrónomo debe conservar los recursos naturales, pero también por conservar y dar la importancia al conocimiento tradicional y las prácticas agropecuarias consuetudinarias. De esta manera, debe adquirir la capacidad para integrar el saber local y el saber científico, a partir del reconocimiento del contexto socio-productivo-ecológico y económico, el uso de las habilidades sociales y la habilidad para identificar, usar o diseñar tecnologías para la producción. El objetivo final es promover y garantizar la soberanía y seguridad alimentaria, conservando el ambiente, sus recursos naturales renovables y no renovables, y reconociendo la importancia de los bienes y servicios ambientales.

El curso se encuentra dentro del área profesional del programa, es el compendio de conocimientos para el ejercicio en el área de la Sanidad Vegetal, donde el rendimiento del estudiante y la calidad profesional dependen de la apropiacion y claridad de los conceptos de la sanidad para aplicarlos en resolver los problemas fitosanitarios económicamente importantes que se presentan en los sistemas de producción agrícola de la región,del país y/o del mundo.
El Manejo Integrado de Plagas (Insectos, Enfermedades y Arvenses) está plenamente justificado como parte del conocimiento que debe tener todo Ingeniero Agrónomo, que mire al mundo como un ecosistema frágil en donde sus decisiones deben estar enmarcadas por conceptos éticos, y que ayuden a resolver los problemas en los Sistemas de producción de manera Sostenible.
En el curso se forma integralmente al estudiante para que adquiera la capacidad de seleccionar, calibrar y administrar maquinaria agrícola. Se hace un recorrido desde el conocimiento del tractor, sistemas de labranza e implementos, sembradoras, equipos de aspersión, cosechadoras y planificación. Creando consciencia de evitar impactos negativos en el suelo, el medio ambiente y obteniendo herramientas para toma de decisiones, optimizando tiempo y recursos.
El estudiante al finalizar el curso, estará en capacidad de comprender, adquirir destrezas, valorar la aplicación e interpretar la aplicación del diseño de: las propiedades físicas del suelo, el drenaje agrícola, el diseño y operación de drenajes superficiales y subsuperficiales, el riego agrícola, su diseño y operación por melgas, por surcos, en alta frecuencia (exudación, goteo, y microaspersión) y por aspersión
El curso se fundamenta en el objeto del conocimiento definido en el programa Ingeniería Agronómica y que se relaciona con los sistemas de producción. De esta manera, el estudio de la producción de insumos orgánicos para el manejo orgánico de los sistemas de producción fortalecerán siete referentes: teoría de sistemas, visión holística, fundamentación básica, agroproductividad, sostenibilidad social, económica y ambiental, perspectiva de género e investigación acción participativa

El suelo es uno de los ecosistemas más complejos de la naturaleza y uno de los hábitats más diversos de la tierra: alberga una infinidad de organismos. La ecología del suelo es el estudio de las interacciones entre la biología del suelo y entre los aspectos bióticos y abióticos del ambiente del suelo. Conocer la composición de las comunidades microbianas del suelo mejora las predicciones sobre el efecto del cambio climático, ya que influyen en la materia orgánica del suelo. En este curso se estudiará la biodiversidad alfa, gama y beta y los indicadores ecológicos más importantes para tomar acciones frente a la degradación de los suelos.