La linea de profundización Manejo Orgánico de los Sistemas de Producción tiene como propósito generar en los estudiantes capacidades para el pensamiento crítico y la investigación de necesidades y problemas en la producción orgánica de cultivos con énfasis en los insumos requeridos en este tipo de cultivos. La profundización se desarrolla en tres cursos:
-Introducción a las prácticas agroecológicas: el estudiante construye un concepto general sobre la Agricultura Orgánica y los insumos, y formula el proyecto de investigación
- Producción de insumos orgánicos: el estudiante desarrolla el proyecto de investigación asesorado por el docente.
- Manejo Orgánico de cultivos: el estudiante aplica los conocimientos y resultados de investigación aprendidos durante los dos cursos anteriores, en unidades de producción agrícola que deseen reconvertirse a la producción agraria, que se encuentren en el proceso de reconversión, en unidades consolidadas de producción orgánica, o en unidades donde se planifican, implementan o auditan procesos de certificación.